Analyse: # COVID19 et climat tropical: le temps chaud peut-il arrêter sa propagation en Afrique?

Le SRAS-CoV-2 est le troisième coronavirus
après SARS-CoV et MERS-CoV connus pour infecter et provoquer des maladies graves chez l'homme.
Les quatre autres coronavirus humains – HKU1, NL63, OC43 et 229E – provoquent uniquement
de légers symptômes de rhume. À ce jour, aucun coronavirus animal n'a été identifié comme
l'ancêtre direct du SRAS-CoV-2; cependant, des données génétiques comparatives
L'analyse a fourni les preuves les plus solides pour que le SRAS-CoV-2 ne soit pas un
un virus fabriqué en laboratoire (Andersen et ses collègues, 17 mars 2020,
Nat Med). Les données génétiques montrent irréfutablement que le SRAS-CoV-2 n'est pas dérivé par
génétique inverse à partir de tout squelette de virus déjà connu. Cependant, son exact
l’origine reste à déterminer et les auteurs ont proposé deux hypothèses plausibles
scénarios: (i) sélection naturelle chez un animal hôte avant le transfert zoonotique
Humain; et (ii) la sélection naturelle chez l'homme après transfert zoonotique.

Le SRAS-CoV-2 est identique à environ 96% à
nucléotides au niveau du coronavirus de chauve-souris, RaTG13; cependant, sa liaison au récepteur
domaine (RBD) dans la protéine de pointe est divergente, ce qui suggère que RaTG13 peut ne pas
se lient efficacement à l'ACE2 humain et doivent donc être adaptés. Malais
pangolins, importés illégalement dans la province chinoise du Guangdong, contiennent
Coronavirus de type SARS-CoV-2 qui ont une profonde similitude avec SARS-CoV-2 dans
RBD mais sont divergentes dans d'autres régions du génome. Plus d'échantillonnage des
l’environnement et le séquençage sont justifiés par la diversité des coronavirus
les chauves-souris et autres espèces sont massivement sous-échantillonnées. À cette fin, le calendrier de
l'analyse des ancêtres communs la plus récente pour le SRAS-CoV-2 est compatible avec le
premiers cas confirmés rétrospectivement à Wuhan, en Chine, qui est d'environ
Novembre à décembre 2019.

Apprendre des épidémies passées

La dynamique de transmission de tout foyer est
intrinsèquement contextuel; cependant, nous pouvons fidèlement extrapoler à partir du passé
les phases de croissance des épidémies et les périodes post-contrôle ultérieures. Par exemple, le
La pandémie de grippe de 1918, souvent appelée «grippe espagnole», a tué un
environ 50 millions de personnes dans le monde; le taux de mortalité le plus élevé a été signalé
chez les adultes en bonne santé âgés de 15 à 35 ans. Le centenaire de la
La «grippe espagnole» est une étape importante, malheureusement marquée par l'émergence de
une pandémie COVID-19 potentiellement rivale. COVID-19 se comportant un peu comme un
pandémie une fois en un siècle et nous devons supposer que ce sera aussi mauvais que
La grippe espagnole, sinon pire. Le monde a également connu trois autres grippes
pandémies en 1957 (grippe H2N2), 1968 (grippe H3N2) et 2009 (grippe H1N1) ainsi que
les deux nouvelles épidémies de coronavirus en 2003 (SRAS) et 2012 (MERS) dans le passé
siècle, aucun d’eux n’était aussi grave que la grippe espagnole.

Les épidémies des temps modernes se propagent plus rapidement
et plus loin que jamais en raison de la facilité des vols intercontinentaux, qui
fait du confinement des flambées une entreprise impossible (figure 1). Une nouvelle maladie
peut être introduit en quelques heures de l'un à l'autre côté du monde avant
même l'individu affecté sait qu'il a contracté l'agent pathogène. Pour
Par exemple, la pandémie de grippe de 2009 et l'épidémie coréenne de MERS en 2015
épidémies modernes archétypales qui se sont propagées en peu de temps. COVID-19 a
maintenant attiré l'attention et l'inquiétude de la communauté internationale en tant que pandémie de gravité élevée;
il se propage rapidement et efficacement entre les personnes et provoque des maladies graves.
Outre les facteurs de virulence intrinsèques aux virus, le trafic aérien mondial,
la mondialisation et les rassemblements de masse ont facilité la diffusion mondiale du COVID-19
touchant bien plus d'un quart de million de personnes en moins de trois mois. Il
a le potentiel de dépasser la pandémie de «grippe espagnole» de 1918. C'est ruineux
impact sur l'économie mondiale a déjà envoyé un tremblement de terre à travers différents
les affaires, les voyages, le commerce et les moyens de subsistance de base.

Calendrier des épidémies

De nombreuses maladies infectieuses sont saisonnières;
la saisonnalité varie selon le lieu (Martinez et al., PLoS Pathogens, 2018).
Différentes maladies ont des schémas différents en fonction de facteurs environnementaux,
telles que la température, l'humidité et la latitude. Beaucoup d'autres se propagent vivaces.
Étonnamment, COVID-19 combine une transmissibilité efficace avec un taux de mortalité élevé
taux. Les modèles actuels basés sur ce que nous savons prédisent que le SRAS-CoV-2 pourrait
finissent par infecter environ 65% de la population mondiale; cependant, nous ne savons pas si
il changera son comportement par temps chaud et humide, ni ne pourrait défier une telle
cette année et par la suite, continue de se propager par manque de suffisamment
immunité collective.

Par exemple, la grippe se propage en hiver dans l'hémisphère nord et
différence de température, d'humidité et de comportement humain
saisonnalité. Bien que l'on puisse postuler que COVID-19 est également saisonnier,
nous devons supposer que cela
continuer à se propager l'année prochaine jusqu'à ce que nous sachions le contraire. Évidemment,
comprendre sa saisonnalité et l'effet du climat sera instructif pour
prioriser notre investissement dans la surveillance des maladies, le calendrier de vaccination
et préparation aux futures épidémies.

Facteurs influençant les voies respiratoires saisonnières
Transmission du virus

Nous ne connaissons pas les mécanismes exacts pourquoi beaucoup
les virus respiratoires (ré) émergent et frappent les humains comme sur des roulettes en hiver
mois l'hémisphère nord; cependant, une multitude de facteurs – viraux, humains
comportement et facteurs environnementaux – ont été identifiés pour moduler le calendrier
des épidémies virales.

1. Viral
   facteurs

Les virus conditionnent leur matériel génétique dans un
protéine de capside. Certains ont une membrane bicouche lipidique supplémentaire appelée enveloppe,
qui est essentiel pour interagir avec les cellules hôtes pendant l'infection et pour
échapper à l'immunité innée de l'hôte. La basse température et l'humidité modulent le
propriétés des protéines de surface virales et de la membrane lipidique et donc augmenter
viabilité des virus qui infectent les humains dans les zones tempérées en hiver (tableau
1). Une étude récente de l'Université d'Edimbourg a montré que les enveloppés
les virus comme le VRS, la grippe et le métapneumovirus humain ne culminent qu'en hiver
mois alors que les virus non enveloppés, tels que les rhinovirus et les adénovirus
plutôt circuler au printemps et en été (Ramalingam et ses collègues,
Rapports scientifiques, 2018). Cette saisonnalité a été supposée être due à une forte
baisse d'humidité absolue – la quantité totale de vapeur d'eau dans un volume donné
d'air. En effet, Chaman et Lipsitch de Harvard a observé une forte
entre le début de nouvelles épidémies de grippe et le début du rhume
et saisons sèches (PLOS Biologie, 2010). Coronavirus, y compris
Le SRAS-CoV-2 sont également des virus enveloppés; les trois souches communes causant le froid –
HKU1, NL63 et OC43 – sont saisonniers, se comportent essentiellement comme la grippe (Kate
Templeton et ses collègues, J. Clinical microbiology, 2010). D'autre part,
SARS-CoV qui a fait long feu à l'été 2003 et MERS-CoV, qui continue de
propagation sporadique chez l'homme n'a pas circulé à plus grande échelle assez longtemps
période pour déterminer leur saisonnalité. La question pressante actuelle est de savoir si
l'épidémie de COVID-19 prendra fin au printemps et en été? Bien qu'il soit
devrait être vulnérable à l'augmentation de la température et de l'humidité de l'été
mois et éventuellement s'affaiblir ou disparaître. Actuellement, nous ne savons pas. Temps
dira,

Sachant que le SRAS-CoV-2 s'est propagé entre les humains
par les gouttelettes et le fomite, comprendre sa viabilité en dehors du corps humain est
Extrêmement important. Une étude récente réalisée dans des conditions de laboratoire optimisées
a déterminé la stabilité du SRAS-CoV-2 et du SRAS-CoV et a constaté que les deux
les virus se comportent de la même manière (Munster et ses collègues le 17 mars 2020, NEJM). Ils
ont pu récupérer des particules virales viables en aérosol, sur carton, sur
plastiques et sur acier inoxydable après 3, 24, 48 et 72 heures, respectivement.
Les deux SRV-CoV présentent des propriétés biophysiques comparables, donc le principal
différence dans les caractéristiques épidémiologiques du SRAS-CoV par rapport à
Le SRAS-CoV-2 est probablement dû aux charges virales élevées dans les voies respiratoires supérieures
et une forte affinité pour se lier à son récepteur, l'ACE2 de ce dernier.

Tableau: effet de l'humidité sur le virus respiratoire
transmission sous différents climats et saisons

Les modèles de comportement humain affectent le contact
fréquence et durée entre les individus transmetteurs et sensibles. Dans
par temps froid, les humains ont tendance à passer plus de temps à l'intérieur avec moins de ventilation et
moins d'espace personnel qu'à l'extérieur. Par exemple, les écoles et autres
les rassemblements sont connus pour faciliter la transmission des virus respiratoires,
y compris la varicelle, la rougeole et
grippe. De plus, les voyages intercontinentaux faciles et rapides deviennent majeurs
souci de propager les épidémies émergentes plus rapidement et plus largement que jamais. COVID-19 a
devenir une menace mondiale principalement en raison de l'intercontinental et à travers
les frontières régionales se déplacent.

La fermeture des écoles a été imposée dans le monde entier en
régions où la transmission communautaire a été détectée. Les enfants sont aussi sensibles et
infectieux à l'âge adulte, mais ils ne développent pas de COVID-19 sévère. Le sous-jacent
facteur (s) reste à identifier. Alors que le comportement humain continue de changer, un
d'importants changements dans les systèmes et stratégies de riposte aux épidémies
lutter efficacement contre les futures épidémies. Pendant ce temps, social
éloignement par auto-isolement et mise en quarantaine ainsi que par une hygiène sûre
précautions restent les seules mesures efficaces pour ralentir la propagation des
COVID-19 (fig 2).

• Influence du climat et des saisons

"Respiratoire
les maladies peuvent se propager efficacement en hiver, pas nécessairement parce
la température, mais parce que les êtres humains se réunissent dans des environnements fermés et
la transmission est donc plus facilitée. Nous avons vu COVID-19 maintenant dans un
nombre de climats différents ” Dr. Michael
Ryan, OMS.

Les deux facteurs ci-dessus, à savoir la viabilité
les virus respiratoires et la sensibilité de l'hôte se sont révélés expérimentalement
être affecté par des facteurs environnementaux. Le changement d'humidité absolue affecte fortement
transmission de la grippe; le froid et le sec favorisent la propagation de la grippe. COVID-19 est un
pandémie s'étendant à plus de 160 pays de toutes les zones climatiques. Pour
exemple, 1) une analyse rétrospective récente (Luo et al., https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.12.20022467v1)
de 19 provinces (allant du climat froid et sec au climat tropical) en Chine
a montré une propagation soutenue du COVID-19 dans toutes les provinces; 2) Singapour, l'un des
premiers pays à déclarer COVID-19, se trouve près de l'équateur et a signalé plus
plus de 250 cas COVID-19 de propagation communautaire; et 3) plusieurs centaines de COVID-19
des cas ont également été signalés en Afrique. Ces exemples suggèrent fortement que
Le SRAS-CoV-2 peut soutenir la transmission communautaire dans toutes les conditions climatiques de cette
Le moment de l'année.

Une autre étude de modélisation a conclu que
une transmission COVID-19 soutenue ne semble se produire qu'à une latitude spécifique
bandes avec des températures comprises entre 5 ° C et 11 ° C et une humidité relative de 47% à 70%
(Sajadi et al, Preprint: http://dx.doi.org/10.2139/ssrn.3550308f) (Fig 3). le
les auteurs ont fait valoir que la plupart des transmissions locales COVID-19 proviennent du nord
hémisphère. De même, l'épidémie de SRAS de 2003 n'a pas affecté l'Afrique ou le Sud
L'Amérique à grande échelle, soutenant davantage la notion que enveloppé
les virus respiratoires ont tendance à se propager plus efficacement pendant les mois d'hiver. Chez l'animal
modèles, une humidité relative idéale pour prévenir les virus respiratoires en aérosol
la transmission à température ambiante (~ 22-24ᴼC) se situe entre 40% et 60%. cependant,
la température plus basse pendant la saison des pluies, la région tropicale peut
compenser la forte humidité relative (> 60%) supportant le COVID-19 sévère
propagé.

Fle
la défense mécanochimique des voies aériennes humaines peut être affectée par le mouvement d'horlogerie saisonnier
de la température et de la teneur en eau de l'air inhalé. Les voies respiratoires
le mucus est une barrière majeure par son antimicrobien mécanique et biochimique
Propriétés. Par exemple, un changement dans la composition chimique du mucus et
par la suite altéré la clairance mucocilliaire à basse température et à faible
l'humidité prédispose les hôtes sensibles à l'infection virale saisonnière. En outre,
changements saisonniers de la lumière du jour, de la température et de l'humidité dans la zone tempérée
démontré d'affecter l'immunité antivirale de l'hôte contre le virus respiratoire
infections. Le «calendrier biologique» inné du système immunitaire supposé
être associée à la variation des niveaux de mélatonine. La mélatonine garde la trace du temps
du jour mais est aussi un «calendrier biologique» pour les saisons; modulation de son
il a été démontré que la sécrétion a un impact sur la réponse immunitaire (Hastings et
Follett, J Biological Rhythms, 2001). De plus, une analyse à l'échelle du génome de
des échantillons prélevés sur des personnes de différentes régions (Europe, États-Unis,
Gambie et Australie) du monde ont révélé des «profils d’expression saisonniers»
des milliers de gènes associés à la fonction immunitaire (Dopico et al., Nat
Communications, 2014; Aguirre-Gamboa et al, Cell Reports, 2014). Par conséquent, la
rythme circadien du système immunitaire de l'hôte et saisonnalité du virus respiratoire
les maladies sont liées à des facteurs environnementaux.

En conclusion, pas un seul mais une combinaison
des différences spécifiques au climat, y compris les personnes vivant plus à l'extérieur que
à l'intérieur, rayonnement UV, niveaux de vitamine D, longueur de lumière différente, innée
immunité, pré-exposition possible aux coronavirus, humidité et température
entre l'hémisphère nord et les régions tropicales pourrait ralentir la propagation du COVID-19 en Afrique
et d'autres régions tropicales (Hopman et al 16 mars 2020 JAMA).

Conspiration
Théories et mythes

1. SRAS-CoV-2
   est un virus conçu en laboratoire

Plusieurs théoriciens du complot ont poursuivi leur
affirmations non fondées en suggérant que le SRAS-CoV-2 est un laboratoire délibéré
virus artificiel en Chine. Malheureusement, une telle désinformation a infiltré
dans le grand public et il est de notre devoir de clarifier et d'éduquer
le public. À notre grand soulagement, l'élégante œuvre qui vient de paraître dans Nat Med
par le Dr Andresen et ses collègues ont démontré irréfutablement que ce n'est pas un
virus fabriqué en laboratoire. L'analyse des données génétiques indique fortement que
Le SRAS-CoV-2 a été acquis par transmission zoonotique et par sélection naturelle
il s'est adapté pour infecter et se propager efficacement chez l'homme.

• COVID-19 se terminera de lui-même à mesure que le temps se réchauffera

Le SRAS de 2002 n'est pas mort naturellement
pendant les mois d'été de 2003. Il a été éradiqué par une santé publique extrêmement intense
interventions en Chine, épicentre de l'épidémie et dans d'autres pays.
Contrairement à COVID-19, les cas de SRAS les plus infectieux étaient également assez malades
manière distinctive rendant l'isolement simple pour le contenir. Bien que COVID-19 soit
causée par un coronavirus étroitement apparenté, elle présente des
et caractéristiques épidémiologiques. Il se propage rapidement et efficacement entre
humains, y compris dans des cas légèrement malades et asymptomatiques.

COVID-19 se propage de façon exponentielle avec un
rapport de reproduction (R₀) de ~ 2-3 et modèles de prédiction,
dont un du CDC suggère que jusqu'à 65% de la population pourrait
éventuellement infecté par le SRAS-CoV-2 si aucune mesure n’est prise pour ralentir sa
propagé. Le véritable cours de la pandémie de COVID-19 dépendra donc de
une meilleure information scientifique et les effets des contre-mesures, la
le modèle actuel suggère que le virus se répandra largement au cours de la prochaine année.

Encadré: Conseils pour
prévenir la transmission du virus respiratoire pendant les épidémies

• COVID-19 ne se répandra pas largement en Afrique

Le climat chaud et les différences culturelles vivantes
en Afrique ont été postulés pour être moins aptes à l'efficacité et à la rapidité
propagation de COVID-19; cependant, l’épandage de COVID-19 a déjà été confirmé
plus de 30 pays en Afrique. Tous les cas COVID-19 identifiés
originaire d'Europe et non de Chine, même s'il y a un air chargé
trafic de voyage entre la Chine et l'Afrique.

La plupart des pays ne se permettent pas à grande échelle
essai; ainsi, l'ampleur réelle du problème pourrait être significativement
sous-estimé. Un autre problème en Afrique est les camps de réfugiés à grande échelle et
conflits qui peuvent alimenter davantage la propagation du COVID-19 et souligner le
établissements de santé. Plus important encore, son impact sur les
l'économie sera sans précédent. Par conséquent, la sensibilisation du public et les effets sur les coûts
des stratégies d’intervention en cas de pandémie devraient être mises en œuvre en supposant
propager efficacement jusqu'à ce que nous sachions le contraire.

• COVID-19 n'est qu'un «rhume» et ne touche que les personnes âgées

Prédire comment un virus émergent se comportera
sur la base d'épidémies passées ou de virus étroitement apparentés qui circulent chez l'homme
une longue période est contre-intuitive. Par exemple, nous savons que les données épidémiologiques
les caractéristiques du SRAS-CoV-2 sont très différentes des autres humains
coronavirus et donc extrapoler le comportement du SRAS-CoV-2 est un mythe.

Un autre mythe est que les jeunes adultes se développent
COVID-19 principalement doux par rapport aux personnes âgées très vulnérables et à celles
comorbidités. Cependant, les derniers rapports de la France, de l'Italie et des États-Unis indiquent
qu'il peut encore provoquer un taux disproportionnellement plus élevé de maladies graves, le
population plus jeune que précédemment. De plus, l'infectiosité demeure
élevé à travers le spectre de la maladie. Il est donc primordial d’être
vigilant dans l'exercice des mesures de précaution de santé publique et aide à l'arrêt
Transmission du covid19.

En résumé, le SRAS-CoV-2, comme les autres coronavirus, transmet plus efficacement en hiver qu'en été; cependant, il manque des preuves solides. Les modèles épidémiologiques suggèrent que le SRAS-CoV-2 pourrait infecter plus de la moitié de la population mondiale en l'espace de quelques mois s'il n'était pas contrôlé. En raison de la rapidité et de l'efficacité de la propagation du COVID-19 et de l'absence d'immunité de troupeau robuste, la proportion d'individus sensibles devrait rester élevée, et donc continuer de se propager au cours de la prochaine année. La distanciation sociale et la fermeture des écoles pourraient aider à aplanir la courbe de propagation du COVID-19, mais il est peu probable qu'elle arrête complètement sa transmission. Le rôle des adultes et des enfants asymptomatiques et légèrement malades dans la propagation du COVID-19 devrait être systématiquement abordé pour mettre en œuvre des politiques de prévention efficaces. Les ripostes mondiales à la pandémie de COVID-19 ont attiré davantage l'attention et accordé la priorité aux investissements dans la recherche et le développement. Les scientifiques travaillent sans relâche pour développer des diagnostics, des thérapies et des vaccins innovants en apportant des changements systémiques importants pour atténuer la crise immédiate et répondre plus efficacement aux effondrements futurs. COMME